12.1 R Markdown의 구성

본 절의 내용 중 일부는 지난 학기 강의노트 1.7절과 중복되거나 재구성한 내용이 포함됨.

  1. R Markdown은 R 코드와 분석 결과(표, 그림 등)을 포함한 문서 또는 컨텐츠를 제작하는 도구로 일반적으로 아래 열거한 형태로 활용함
    • 문서 또는 논문(pdf, html, docx)
    • 프리젠테이션(pdf, html, pptx)
    • 웹 또는 블로그
  2. 재현가능(reproducible)한 분석 및 연구15 가능
    • 신뢰성 있는 문서 작성
    • Copy & paste를 하지 않고 효율적 작업 가능

R 마크다운 파일 = .Rmd 확장자를 가진 일반 텍스트 파일

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title: "Untitled.Rmd"
date: "2020-09-11"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

Markdown은 HTML, PDF 및 MS Word 문서를 작성하기 위한 간단한 형식의 지정 구문입니다.
R Markdown 사용에 대한 자세한 내용은 <http://rmarkdown.rstudio.com>을 참조하십시오.


**Knit** 버튼을 클릭하면 두 가지를 모두 포함하는 문서가 생성됩니다.
문서에 포함 된 R 코드 청크의 출력 내용뿐 아니라
다음과 같이 R 코드 청크를 포함 할 수 있습니다.

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

`echo = FALSE` 매개 변수가 코드 청크에 추가 되었습니다.
플롯을 생성 한 R 코드의 인쇄를 방지합니다.

위 R Markdown 문서는 아래 그림과 같이 YAML, Markdown 텍스트, Code Chunk 세 부분으로 구성됨.

R markdown structure

Figure 12.1: R markdown structure

YAML (YAML Ain’t Markup Language)

  • R Markdown 문서의 metadata로 문서의 맨 처음에 항상 포함(header)되어야 함.
  • R Markdown 문서의 최종 출력 형태(html, pdf, docx, pptx 등), 제목, 저자, 날짜 등의 정보 등을 포함

최종 문서 생성 과정

  • Rmd 파일을 knitr 을 통해 .md 파일로 변환 후 pandoc 이라는 문서 변환기를 통해 원하는 문서 포맷으로 출력
R Markdown의 최종 결과물 산출과정(http://applied-r.com/project-reporting-template/)

Figure 1.9: R Markdown의 최종 결과물 산출과정(http://applied-r.com/project-reporting-template/)

  1. 과학적 연구의 결과물을 오픈소스로 내놓고 누구라도 검증 가능↩︎